Der „Schwarze Tod“ raffte im 14. Jahrhundert in Europa etwa 25 Millionen Menschen dahin. Das war ein Drittel der damaligen Bevölkerung. In Wellen kehrte die Seuche immer wieder zurück. Natürlich machte die Pest auch im 16. und 17. Jahrhundert keinen Bogen um die Stadt Brandenburg. Dank des Stadthistorikers Otto Tschirch sind zumindest für die Neustadt die traurigen Zahlen bekannt. Von den 10.000 Einwohnern lebten Mitte des 17. Jahrhunderts noch etwa 3000. Von ähnlichen Zahlen ist in der Altstadt auszugehen. Schuld daran war auch der 30-jährige Krieg (1618-1648). Denn die Söldner waren es vor allem, die die Pest immer wieder in die Stadt trugen.

Im Stadtbuch der Neustadt sind für das Jahr 1516 immerhin 1400 Pesttote verzeichnet. Den höchsten Wert gab es 1566 mit 2300 Toten. Im Jahre 1598 fanden laut den Aufzeichnungen 2000 Neustädter durch die Pest den Tod. Die Städte versuchten sich natürlich zu schützen. Während überliefert ist, dass reiche Bürger in Pestzeiten kurzerhand auf das Land flüchteten, griffen die Zurückgebliebenen auf Pestkreuze, Pestsäulen oder auch Pestaltäre zurück. Aber die Neustadt ging auch ganz praktisch vor. Bereits 1349 wird die „Kapelle des Heiligen Jakobus außerhalb der Mauern bei den Kranken“ erwähnt. Gemeint ist die Jakobskapelle und daneben befand sich ein mittelalterliches Krankenhaus. Das nahm nicht nur Reisende mit Krankheitssymptomen auf, sondern auch Pestkranke und Aussätzige aus dem Inneren der Stadt.

Heilung war die Ausnahme. Die Toten aus dem Spital wurden in der Jakobskapelle, der späteren Verrückten Kapelle, aufgebahrt und dann südlich des Steintores und somit wie üblich außerhalb der Stadtmauern und nicht auf dem offiziellen Friedhof beigesetzt. Die Toten aus der Stadt kamen direkt auf den Trauerberg. Der langgestreckte Platz erhielt wegen dieser Funktion den Namen Trauerberg. Erstmals erwähnt wurde diese Bezeichnung im Jahre 1479. Während der Dauer der Epidemien wurden die Opfer schnell und ohne jegliche Zeremonie begraben, zumeist in Massengräbern. Erst nach Abklingen der Seuche wurden die sonst üblichen kirchlichen Zeremonien nachgeholt.

Viele Pestfriedhöfe wurden spätestens im 19. Jahrhundert geschlossen, meist sogar noch etwas früher. Nach Aufhebung des Trauerberges als Friedhof wurde das noch unbebaute Gelände als Gartenland genutzt. Nach und nach siedelten sich hier auch Gärtnereien an. Am nordöstlichen Platzende stand von 1825 bis 1930 die Reithalle der Kürassiere. Mitte des 19. Jahrhunderts entstanden erste Wohnhäuser, die Oberbürgermeister Hugo Dreifert aber wieder abreißen ließ, um den Platz zu erhalten. Nach Aufstellung eines Bebauungsplanes entstand bereits ab 1881 die heutige Bebauung. In den DDR-Jahren wurde ein Teil des Platzes als Überland-Busbahnhof genutzt, der dann allerdings 2013 zum Hauptbahnhof umzog.