Der letzte Slawenfürst Pribislaw, der mit seiner Taufe den Namen Heinrich annahm, soll 1150 in der christlichen St. Petri-Kapelle seine letzte Ruhestätte gefunden haben. Später wurde wohl auch seine Frau Petrissa dort beigesetzt. Bischof Wigger, der von 1138 bis 1159 dem Bistum Brandenburg vorstand, soll auch in der kleinen Kapelle seine letzte Ruhe gefunden haben. Nach einer alten Quelle befindet sich sein Grab jedoch seit dem 31. Dezember 1159 im damaligen Prämonstratenserkloster Leitzkau.

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Allerdings entnahm man im Mittelalter hochgestellten Persönlichkeiten die Eingeweide, um die Leichname, wegen der langen Begräbnisfeierlichkeiten oder auch wegen des Transportes zum Begräbnisort, besser konservieren zu können. Es ist nicht ausgeschlossen, dass es in der St. Petrikapelle später noch ein Eingeweidenbegräbnis des Kirchenfürsten gab. Zumindest fand man eine als Schwelle verwendete Sandstein-Stele, ähnlich wie in Leitzkau, wo sie als Fensterbank verwendet worden war. Die Stele würde zu einem Eingeweidenbegräbnis passen. Und Brandenburg war ja nicht nur Sitz eines Prämonstratenserklosters, sondern auch des Bistums, dessen Chef der Prämonstratenser Wigger über 20 Jahre lang war.

Der Feldsteinsockel der St. Petri-Kapelle auf der Dominsel ist neben dem Sockel der St. Gotthardtkirche das älteste, was die Mark Brandenburg baulich zu bieten hat. Schon 1136 stand an der Stelle der späteren Petrikapelle die Burgkapelle des slawischen Fürsten Pribislaw, der zumindest nach außen Christ war, um den Eroberungs-Feldzügen der Deutschen zu entgehen.

Im 12. Jahrhundert erfolgte in der Regie des Markgrafen unter Verwendung des alten Materials der Umbau der Kapelle in Backstein, wobei der untere Teil bis in 1,90 Meter Höhe aus Granit bestehen blieb. 1237 ging das Kirchlein aus markgräflichen in bischöflichen Besitz über. Sie wurde in der Folgezeit Pfarrkirche für die Bewohner der beiden Domkietze. Die durften natürlich nicht in den von einer Mauer umgebenen Klosterbereich, um die dortigen Gottesdienste zu besuchen.

Im Jahre 1521 erfolgte der nächste Umbau inklusive Erweiterung, erhielt die Kapelle dabei nicht nur ihre heutige Form, sondern auch das sehenswerte Zellengewölbe im Inneren. Die Gewölbe drückten schon bald auf die südliche Wand, so dass 1588 drei Außenstützpfeiler entstanden. Um diese Zeit erhielt die Kapelle auch einen Glockenturm, der 100 Jahre später dann noch einmal verändert wurde. Er erhielt eine barocke Rurmhaube inklusive eine Wetterfahne mit der Jahreszahl 1680. Wegen Baufälligkeit verschwand der Turm im Jahre 1849. Auch der reich verzierte, aber mittlerweile baufällige, Westgiebel wurde damals kurzerhand aus Kostengründen nicht saniert, sondern abgerissen. Das Protestschreiben des Provinzialkonservators traf erst 1853 beim Dom ein.

Kurz zuvor, Mitte November 1848, war das Kirchlein bereits baupolizeilich gesperrt worden. Die hiesige römisch-katholische Gemeinde hatte damals, ab 1810, die St. Petri-Kirche gelegentlich für ihre Gottesdienste genutzt. Im Jahre 1860 erfolgte schließlich die Instandsetzung des Kirchleins. Das mittelalterliche Bauwerk beherbergt jetzt diverse Kunstausstellungen.